In der natürlichen Vegetation von Panama herrschen verschiedene Waldformen vor. Der tropische Tieflandregenwald ist sehr reich an Baumarten: rund 10 – 20 x so viele Gehölzarten wie auf viel größerer Fläche in Europa.
Die Bestimmung der einzelnen Arten ist Expertensache und ein Bestimmungsbuch müsste den Umfang eines Brockhauses haben. Auch der Trockenwald ist sehr artenreich. Die Hälfte der Gehölze verliert in der regenarmen Zeit das Laub und schützt sich so vor dem Vertrocknen.
Im Bereich Bergregenwald und Nebelwald werden die Baumhöhen geringer und das Unterholz dichter. Im Paramo erreichen die Sträucher nur noch Mannshöhe.
Besonders auffallende Bäume im Kulturland sind:
Kokospalmen, Indischer Mandelbaum, Rosa Trompetenbaum, Jacaranda, Afrikanischer Tulpenbaum, Goldtrompetenbaum, die verschiedenen Mangrovengehölze oder spezialisierte Küstenpflanzen oder auch der imposante Kapokbaum, welcher auch als Ceiba bezeichnet wird.
Interessant ist ebenfalls der Weißgummibaum: Er wird in Panama auch Indio desnudo, also nackter Indianer genannt. Die Einheimischen nannten ihn allerdings Sunburned Gringo; wegen seiner abpellenden roten Rinde.
Weiter kommen auch Balsabaum und Teak vor. In Plantagenkultur gibts Oelpalmen, Mango, Orangen, Guaven , Pfirsichpalmen, Kakao und natürlich Kaffee. Schaut man aus dem Bereich der Gehölze in den Bereich der krautigen Pflanzen finden wir in Panama noch viele weitere Kulturen: Ananas, Bananen, Naranjilla (ein Nachtschattengewächs), Süßkartoffeln, Zuckerrohr, Maniok, Yams, Chayote und noch viele weitere Vertreter aus der Kürbisfamilie.
Krautige Pflanzen in der freien Natur sind die Aufsitzerpflanzen (Epiphyten) wie Bromelien in hunderten Arten oder Orchideen in tausender Stückzahlen. Aber auch Moose, Farne und Bodenkräuter sowie Gräser sind hochinteressant und artenreich. Charakterpflanzen dieser Tropenregion sind aber wohl die Helikonien oder Ingwergewächse.
In den Gärten und Grünanlagen sind fast alle aus anderen Tropenländern oder auch von unseren Fensterbänken bekannten Zierpflanzen zu finden. Erwähnt werden sollten Yuccaarten, Drachenbäume (Dracaena), Roseneibisch, Bouganville, Croton, Weihnachstern und auch die bekannten Palmenarten.
Kuriositäten in der Pflanzenwelt Panamas sind die Würgefeige des Regenwaldes oder die Baumfarne und Mammutblätter des Nebelwaldes.
