In den noch weitgehend gut erhaltenen Regenwäldern Kolumbiens sowie in Tiefland- und Bergregenwälder sind Raubkatzen wie Pumas und Jaguare oder lebende Fossilien wie Faultiere und Gürteltiere, Ameisenbären und mehrere Affenarten, Tapire, Wasch- , Nasen-und Brillenbären vorzufinden.
In den Llanos fallen große Mengen an Wasserschweinen (Capibaras) ins Auge.
Unter den zahlreichen Reptilien sind vor allem die vielen, meist ungiftigen Schlangenarten, aber auch Krokodile, Kaimane, Schildkröten und verschiedenste Echsen hervorzuheben.
Außergewöhnlich ist die Vielfalt der Insekten und Spinnen oder auch Skorpione. Ameisen bilden den größten Teil der tierischen Biomasse des Regenwaldes!
Das Land am Äquator ist Heimat für über 1.800 verschiedene Vogelarten, darunter viele Tukane, die auch Pfefferfresser genannt werden. Das ist Weltrekord und Kolumbien ist mit seiner Artenzahl die Nummer Eins aller Länder der Erde. Zu nennen wären auch noch Vorzeigearten wie Kolibris (mehr als 100 Arten), Trogone (Quetzal), Tangaren in fast unüberschaubarer Farbenvielfalt, Bartvögel, Ameisenvögel, der berühmte rote Felsenhahn oder die stolzen Hokkohühner.
Die Flüsse (Amazonas) und Seen des Landes werden von zahlreichen spektakulären Süßwasserfischen bevölkert, zum Beispiel von Arapaima oder Piranhas. Die Küsten von Karibik und Pazifik bieten die ganze Palette an Meerestieren; auch Korallenfische. Ebenso sind hier viele Walarten (wie z. B. Buckelwale) anzutreffen.
