Ebenso vielfältig wie die Flora ist auch die Fauna. Die durch den Humboldtstrom mit Unmengen Plankton versorgten Küstengewässer sind reich an Fischarten. Pinguine, Robben, Seelöwen und auch einige Seeelefanten finden um die vorgelagerten Inseln ein reichhaltiges Nahrungsangebot. An der Küsten leben Möwen, Seeschwalben, Meerespelikane, der peruanische Tölpel und der Guano-Komoran. Die Exkremente des Kormoran sind hierzulande als Guano-Dünger bekannt. Durch den übermäßigen Fischfang ist das biologische Gleichgewicht jedoch erheblich ins Wanken geraten, sodass viele Tiere in ihrer Population gefährdet sind. In den Flüssen Perus sind die Mohren- und Brillenkaimane beheimatet. Sie gehören zur Familie der Alligatoridae und sehen den Krokodilen zum Verwechseln ähnlich. Auch die berühmten Riesenotter haben hier ihren Lebensraum. Trotz des Artenschutzabkommens sind diese Tierarten selten geworden und vom Aussterben bedroht. Der Paiche (Arapaima gigas) ist mit drei Metern Länge und einem Gewicht von bis zu 300 Pfund der größte Süßwasserfisch der Welt und gleichzeitig wichtigste Nahrungsquelle für die Bewohner der Flussregionen. Er gehört zu den letzten Vertretern der urzeitlichen Knochenfische, die im Süßwasser des Amazonas bis heute überlebt haben.
In den Hochebenen der Kordilleren sind vier kamelartige Tiere beheimatet. Die Lamas und Alpakas sind schon seit Jahrtausenden Haustiere der andinen Bevölkerung. Sie wurden von den Indigenen aus den wilden Stammformen der Guanakos und Vicuñas gezüchtet. Vor allem ihre Genügsamkeit, Ausdauer und Einsetzbarkeit in Höhen über 4.000 m Höhe machten sie schon zur Zeit der Inkas zu wichtigen Nutztieren. Guanakos und Vicuñas leben ausschließlich in freier Wildbahn. Die in kleinen Herden bis zu 25 Tieren lebenden Guanakos kommen heutzutage kaum noch in den Gebirgssteppen vor. Das Vicuña ist mit einer Schulterhöhe von nur 80 cm das kleinste der Kleinkamele der Anden. Wegen seines seidenfeinen Wollkleides wurde das Vicuña fast bis zu seiner Ausrottung gejagt. Aufgrund strenger Schutzbestimmungen ist es nun wieder häufiger in den Hochanden zu sehen.
Imposant, aber sehr selten zu sehen, ist der Kondor, der König der Anden. Mit einer Spannweite von bis zu 3,20 Meter ist er der größte Raubvogel der Welt. Er hat sich tief in die Bergwaldregionen der Anden zurückgezogen. Bereits in den frühen Kulturen Perus wurde der Kondor als heiliges Tier verehrt. Ebenfalls rekordverdächtig ist das über ein Meter lange Riesengürteltier (Priodontes gigantes). Es ist das Größte seiner Gattung. Das Riesengürteltier trägt einen Panzer aus Knochenplatten, die so hart und stabil sind, dass es kaum einem Raubtier gelingt, sie zu knacken.
Die Tierwelt des Regenwaldes ist mit Abstand die Vielfältigste auf dem Subkontinent. Man begegnet hier einer Fülle von Vogelarten. Kolibris, Aras, Tucane und Kazikenvögel sind sicher die bekanntesten Vertreter. Brillenbären, Bergtapire und Wollbeutelratten, Ameisenbären und Schlangen bevölkern die tieferen Regionen des Regenwaldes. Jaguare schleichen auf der Suche nach Beute durch das Unterholz. Ein anderer Vertreter der Raubkatzen ist der Ozelot. Er lebt im feuchtwarmen Dschungel, im nebligen Bergwald, in dichten Mangrovenwäldern und in der halbtrockenen Dornbuschsavanne. Das offene Feld meidet er, weil er für die Jagd auf Deckung angewiesen ist.
